Objawy choroby zależą od stopnia aktywności enzymu rozkładającego glikogen.

Typowe objawy choroby Pompego u niemowląt to:

• obniżone napięcie mięśniowe (wiotkość mięśni),
• powiększenie mięśnia sercowego (kardiomiopatia), wątroby, języka,
• słaby przyrost wagi,
• niedosłuch,
• częste infekcje dróg oddechowych.

Postać późniejsza może pojawić się w każdym wieku, nawet po 60. roku życia. Objawami są:

• zmęczenie, które pojawia się nawet podczas niewielkiego wysiłku (wejście po schodach jest jak zdobycie Mount Everestu)
,
• trudności z wstawaniem z pozycji siedzącej czy wchodzeniem po schodach (chód „kaczkowaty”),
• deformacja kręgosłupa (zespół sztywnego kręgosłupa, pogłębiona lordoza lędźwiowa, skolioza, odstawanie łopatek (czasem asymetryczne),
• bóle mięśni, poranne bóle głowy,
• trudności w oddychaniu,
• osłabienie mięśni twarzy, języka, gardła i górnego zwieracza przełyku, a także osłabienie mięśni zewnętrznych gałek ocznych i zaburzenia słuchu (zaburzenia mięśnia strzemiączkowego).
• bezsenność i obniżona koncentracja,
• zespół suchego oka, zaburzenia funkcji seksualnych, nietrzymanie moczu oraz częste infekcje układu moczowego,
• zaparcia, przewlekła biegunka, skurcze, nietrzymanie kału, zaburzenia połykania, powiększenie wątroby i powiększenie języka utrudniające połykanie pokarmu.

Postępowanie terapeutyczne obejmuje leczenie przyczynowe za pomocą enzymatycznej terapii zastępczej oraz leczenie objawowe poszczególnych zaburzeń, na przykład niewydolności serca lub niewydolności oddechowej.

W leczeniu obu postaci choroby (niemowlęcej oraz późnej) stosuje się dożylnie preparat zawierający rekombinowaną alfa-1,4-glukozydazę, znaną jako alglukozydaza alfa. Terapia ta jest w Polsce w pełni refundowana. Alglukozydaza alfa jest podawana drogą infuzji dożylnej co dwa tygodnie.

Do podjęcia leczenia konieczne jest potwierdzenie choroby przez test enzymatyczny i genetyczny. W niektórych przypadkach do leczenia enzymatycznego dołącza się leczenie objawowe. Często występujące infekcje dróg oddechowych powinny być szybko zwalczane. Istotna jest również rehabilitacja ruchowa i oddechowa oraz monitorowanie stanu odżywienia. Pacjenci z przerostem serca powinny znaleźć się pod opieką kardiologiczną.

Wyniki badania pokazują, że enzymatyczna terapia zastępcza przynosi korzyści pacjentom w różnym wieku. Im wcześniej rozpocznie się leczenie, tym lepsze efekty można osiągnąć.

U osób z postacią o późnym początku leczenie poprawia sprawność ruchową i zatrzymuje progresję niewydolności oddechowej. Istnieje wiele typów mięśni podatnych na leczenie, ale większość pacjentów odnosi istotne korzyści kliniczne.

Do potwierdzenia diagnozy stosuje się badania biochemiczne oraz monitorowanie pracy serca.

Diagnostyka różnicowa zależy od wieku pacjenta - w okresie noworodkowym i niemowlęcym rozważane są inne przyczyny zespołu dziecka wiotkiego, zwłaszcza te współistniejące z powiększeniem mięśnia sercowego. Natomiast dla starszych pacjentów, rozpoznanie może dotyczyć dystrofinopatii, różnych postaci dystrofii obręczowo-kończynowej oraz miopatii nabytych.

W przypadku podejrzenia choroby Pompego, diagnozę można potwierdzić za pomocą dwóch szybkich i prostych metod, które pozwalają wykryć niedobór kwaśnej alfa-glukozydazy (GAA): badania suchej kropli oraz oznaczenia aktywności kwaśnej alfa-glukozydazy w próbce pełnej krwi obwodowej. Dodatkowo, w ramach diagnostyki choroby Pompego, wykonuje się badania serca, siły mięśni, testy laboratoryjne oraz badanie krwi.

W przypadku gdy oboje partnerów mają obciążony wywiad genetyczny, istnieje możliwość przeprowadzenia badań prenatalnych. Jednak ze względu na bardzo niską częstość występowania tej choroby oraz jej zróżnicowaną etiologię, analizy genetyczne są wykonywane głównie w ośrodkach naukowych i eksperymentalnych.

Choroba Pompego może manifestować się w dowolnym wieku – w postaci nagłej u niemowląt lub stopniowo w późniejszym okresie życia. U pacjentów z tym schorzeniem objawy mogą znacznie się różnić. U dzieci, a także dorosłych, z chorobą Pompego możliwe jest obserwowanie mniejszej sprawności ruchowej w porównaniu z innymi.

U niemowląt charakterystyczne jest powiększenie i osłabienie serca, a także ogólna wiotkość mięśni. Często pojawiają się trudności z oddychaniem, infekcje dróg oddechowych oraz problemy z karmieniem. Postać niemowlęca charakteryzuje się całkowitym brakiem enzymu, co prowadzi do ciężkich objawów u noworodków i niemowląt.